灰指甲的治疗主要是局部外用药物治疗，长期局部治疗甲或长期局部治疗效果较差的可酌情采用内用治疗。
外用疗法
(1)30％冰醋酸、3％咪康唑或10％；外用水合肼抹剂，2次/d。涂抹前用刀片刮除部分甲可提高疗效。
(2)8％；环吡酮胺或5％；阿莫罗芬指甲油(均有市售)。
(3)溶甲疗法常用400％；尿素软膏封包，隔天待病甲软化后刮除，再继续选择上述药物。
内用疗法
(1)口服伊曲康唑:每次200 mg，2次/d，连服7 d一个疗程，停止3周后服用第二个疗程。指甲2个疗程，指甲3个疗程。每个疗程结束时应进行真菌检查。整个疗程结束后，每月进行一次临床和真菌随访，共6个月。
(2)口服特比萘芬:每次50mg，1次/d，连服7 d，第二天再穿一次。指甲共服14次，指甲共服28次。疗程结束后，还需定期随访。
氟康唑口服:每次150 mg，每周1～两次，连服4个月以上。
