生殖器疱疹潜伏期后，男性多见于龟头、冠状沟、阴茎、尿道口、阴囊、大腿、臀部等。女性多见于阴唇、宫颈、外阴肛周等。，并伴有瘙痒性丘疹，并迅速变成水泡或脓疱。~5天后破裂，形成糜烂或溃疡，然后结痂愈合。由于局部充血和水肿，局部烧灼感、瘙痒和疼痛明显，排尿困难（常伴膀胱炎）和行走困难。它还会侵犯子宫颈，导致阴道分泌物增多或下腹痛，并可并发宫颈炎和子宫炎。它还可以累及直肠粘膜。常伴有淋巴结肿大和压痛，大多数男患者双侧腹股沟淋巴结肿大。
女性比男性多，症状比男性严重。本病患者约10人％有咽炎，10％男性与26％；女性原发性生殖器疱疹患者伴有生殖器以外的损伤，主要在嘴唇、手指、臀部、大腿、手臂等部位，常见于生殖器疱疹后第二周，主要由感染生殖器部位的病毒接种引起。
