肾积水的主要原因是泌尿系统的通道梗阻，可分为先天原因和后天原因。
先天性原因导致肾积水包括内部输尿管狭窄、节段性无功能、输尿管扭曲、异位血管压迫和输尿管开口过高。肾盂输尿管交界处常出现内部输尿管狭窄，导致梗阻不完全，局部无弹性狭窄区域形成，导致尿液积聚滞留和肾积水。节段性无功能是由于先天性发育异常，导致局部输尿管收缩功能丧失和梗阻。输尿管扭曲、粘连、结构异常等。，导致局部梗阻和尿潴留。异位血管压迫会导致异位血管压迫输尿管，导致潴留。输尿管开口过高也可能导致局部张力增加和尿潴留。
肾积水的后天原因包括炎症刺激、肾盂输尿管交界梗阻、创伤因素等。长期的慢性炎症刺激可能导致输尿管内疤痕组织的形成，导致收缩功能异常和梗阻。如果肾盂输尿管交界处有结石梗阻、肿瘤、新生物等组织，也会压迫并导致梗阻。如果输尿管损坏，修复过程中会形成疤痕组织，影响输尿管收缩功能，导致功能异常积水。
