临床上，囊肿的症状因性质和大小不同而不同。
卵巢肿瘤是女性生殖器常见的肿瘤，形态不同，性质不同。囊性、实性、良性和恶性是最常见的。卵巢囊肿早期无明显症状和体征，超过妇科检查彩色多普勒超声发现，可暂时不处理，定期彩色多普勒超声检查观察其动态变化。中等大小的卵巢囊肿可能导致腹部肿块，可移动，通常从盆腔移动到腹腔；也可引起腹痛、腹胀，甚至不规则阴道出血。此时，建议及时就医，对症治疗，如果卵巢囊肿增大，并伴有感染，可行手术治疗，卵巢囊肿切除术，适合年轻患者，特别是绝经前患者，尽可能保持正常卵巢组织；输卵管卵巢切除术，适合老年或绝经后患者，一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
在大多数情况下，良性卵巢囊肿没有明显的症状。常见症状为下腹痛、阴道不规则出血。如果长期没有有效治疗，也会对女性怀孕产生影响，有可能变成恶性。
