卵巢囊肿的恶性变化主要取决于囊肿的性质，与囊肿的生长寿命无直接关系。虽然临床上大多数卵巢囊肿都是良性的，但仍有恶性变化的可能性。
首先，如果卵巢囊肿在短时间内迅速增加，并且在超声检测下发现双侧卵巢肿块、实性回声或低阻血流信号，则表明有恶性变化的可能性，而长改变的卵巢囊肿不太可能发生恶性变化。其次，无论是普通卵巢囊肿还是子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，恶性变化的机会一般都很少，但这并不意味着没有。
绝大多数恶性卵巢肿瘤都是由卵巢囊肿恶变引起的，所以只要病人诊断出病理性卵巢囊肿，就应尽快进行手术治疗，以防恶变。
