尖锐湿疣一般无疼痛症状，如有炎症感染可出现疼痛。
男性尖锐湿疣常发生在阴茎包皮、龟头、冠状沟、尿道口等。表现为花椰菜或鸡冠状新生物，逐渐增加。通常没有疼痛和不适。如果尖锐湿疣在尿道口生长较多，发生糜烂坏死，小便通过时，由于尿液的刺激，可能会出现疼痛；包皮过长的患者，尖锐湿疣侵蚀，细菌感染，疼痛，甚至分泌物，恶臭。男同性恋患者肛门或肛管尖锐湿疣，由于局部湿度，容易生长成巨大的尖锐湿疣，局部炎症伴疼痛。
女性尖锐湿疣通常生长在外生殖器部位，如阴唇、尿道口、阴道口、阴道和宫颈。在大多数情况下，没有疼痛症状。如果尖锐湿疣生长较大，可能会出现白带异常，少数可能会出现疣体破裂、炎症和疼痛。此外，由于性交方式的不同，尖锐湿疣可出现在口腔粘膜、舌头、乳房等部位。只要没有糜烂感染等炎症，一般就没有疼痛症状。
有性冶游史的高危人群，如果外阴有新生物，即使没有疼痛，也需要去医院皮肤科排除尖锐湿疣。
