一旦确诊新生儿甲状腺功能减退症，需要立即治疗。开始治疗的年龄越早，预后就越好。根据病因，一些儿童可能需要终身服药。
新生儿甲状腺功能减退，又称呆小症，可导致脐疝、身材矮小、智力落后、生长发育迟缓、生理功能低下等症状，对神经系统功能的损害不可逆转。因此，一旦诊断出新生儿甲状腺功能减退，就需要立即替代甲状腺激素。同时，需要定期检测甲状腺功能，调整药物剂量，定期监测其智力和身体发育。
新生儿甲状腺功能减退症患者在早期及时应用激素替代治疗后，通常可以正常发育和生长，不会留下明显的后遗症，但必须注意按照医生的建议服药，定期复查。
