到目前为止，宫颈癌疫苗最常见的副作用是注射后局部发红、肿胀和疼痛，接种后严重发烧和呕吐，甚至头晕和肌肉无力。
宫颈癌疫苗的类型分为二价疫苗、四价疫苗和九价疫苗，只针对三种疫苗HPV不同的类型，所以合适的年龄阶段也会有所不同。但无论什么类型的宫颈癌疫苗，接种后的副作用，实际上特别罕见，但接种后，可能出现局部肿胀疼痛，这与普通疫苗接种后的副作用基本相同，只有在国外接种发烧、呕吐、头晕、肌肉无力等症状，但这种情况只有少数。在中国还没有出现，所以宫颈癌疫苗的副作用实际上特别小，所以对于需要接种宫颈癌疫苗的妇女，通常可以考虑接种疫苗，不用担心宫颈癌疫苗的副作用会导致严重的不良现象。
对于有性生活的女性来说，在接种宫颈癌疫苗之前，不必先做HPV已有检查确诊HPV也可以在感染时接种疫苗。
