在测量不同部位时，水银温度计可以测量不同部位的温度。
最常用的方法是测量腋窝温度。正确的测量方法是先擦干腋窝，将体温计的头端放在腋窝深处，上臂夹住体温计，10分钟后取出读数。如果进行口腔温度测量，消毒后的体温计的头端应放在患者的舌下，闭上嘴唇，5分钟后取出读数。这种方法不能用于婴儿和神志不清的人。测量肛门温度时，让患者侧卧。肛门体温计的头端涂上适量润滑剂后，慢慢插入肛门，直到达到体温计长度的一半，5分钟后取出读数。
不同部位的温度正常值也不同，腋温正常值为36.0℃-37.0℃，正常口温值为36.3℃-37.2℃，肛温正常值为36.5℃-37.7℃。
