与其他肿瘤一样，胆囊癌的发病机制尚未完全明确。
但胆囊癌的发生确实与胆囊结石、胆囊腺瘤、胆胰管汇合异常等一些良性胆道疾病密切相关。一般认为胆囊结石是胆囊癌的重要危险因素。据国内数据报道，近一半的胆囊癌患者同时合并胆囊结石。研究表明，胆囊结石患者患胆囊癌的风险约为非胆囊结石患者的十倍，结石越大，患胆囊癌的风险越高。结石大于2cm胆囊癌的风险小于结石1cm五到六倍。
此外，长期慢性胆囊炎与胆囊壁钙化相结合，即所谓的瓷胆囊，其癌变率也较高。随着人们体检的增加，胆囊息肉病变的比例也有增加的趋势，这些胆囊息肉大多是多发性胆固醇息肉，而不是真正的肿瘤，一般不会引起癌症，如果是单发息肉，大小超过1cm、扁平蒂粗，癌变机会多，应考虑癌前病变，应尽快治疗。
