由于染色体异常、内分泌异常、子宫发育不良或畸形，导致流产的原因非常复杂、多种多样。
染色体包括异常染色体，如单体、三体和多倍体；60％。核异常伴有胎儿或胎盘等结构异常。正常核流产的胎儿更正常。
孕酮过多，12～14周正处于胎盘形成取代妊娠黄体功能的时期，容易出现内分泌紊乱，尤其是黄体功能不足。此外，缺乏甲状腺素会阻碍细胞的氧化过程，以及甲状腺机能亢进和糖尿病。
3、胎盘内分泌异常和胎盘炎早期蜕膜可溶解蜕膜出血或增生绒毛上皮细胞和蜕膜细胞，绒毛内血管阻塞，影响营养物质的吸收和运输，导致妊娠卵从附着部位分离出血流产。此外，胎盘内的巨大梗死可降低胎盘功能，影响胎儿生存；前置胎盘和胎盘绒毛水肿变性导致流产的情况并不少见。怀孕后母血β-hCG、hPL、P、E2、雌酮，如果这些激素值在早孕时下降，50％流产。
血型，Rh因素，不合ABO血型因子在母体中产生抗体，此次妊娠由胎盘进入胎儿体内与红细胞凝集而产生溶血，以致流产。
五、精神经因素惊吓，精神刺激严重。
六、母体全身性疾病
(一)严重的急性传染病和传染病:如大叶性肺炎，多伴高烧导致子宫收缩，或/和胚胎死亡可导致流产。
（2）慢性病：严重贫血、心脏病、心力衰竭可导致胎儿缺氧、窒息和死亡；慢性肾炎、严重高血压可导致胎盘梗死或早剥和流产。
(3)营养不良或药物中毒:如维生素缺乏，尤其是维生素E―汞、铅、酒精和吗啡等慢性中毒会导致流产。
七、生殖器官疾病，如双角子宫纵腔畸形，常为流产原因。但子宫发育不良往往是不孕的原因。此外，子宫肿瘤，特别是粘膜下肌瘤或嵌入子宫腔的卵巢囊肿，会影响胎儿的发育，导致流产。子宫内口松弛是习惯性流产的常见原因之一。近年来，大约发现了子宫粘连患者14％发生在流产后。粘连导致宫腔缩小、变形和子宫内膜面积减少，并硬化，影响胚胎发育。
八、
(1)组织相容抗原(histocompatibility locus antigen，HLA)：HLA复合体位于人类第六对染色体短臂的一段，至少包括与移植相关的四个基因位点：HLA-A、B、C、D/DR等等。夫妇在正常怀孕期间HLA不相容性可以维持遗传多样性，防止致死纯合子的产生。习惯性流产的夫妇之间HLA抗原相容的频率大于正常妊娠，其中DR抗原有更多的机会。过多的共同抗原防止母亲识别妊娠作为异体抗原，不能刺激母亲产生维持妊娠所需的抗体，缺乏抗体调节。母体免疫系统容易对胎儿造成免疫攻击，导致流产。
(2)抗磷脂抗体:一组自身免疫抗体，包括狼疮抗凝抗体(LA)及抗心磷脂抗体(acl)。近年来，研究发现，在自身免疫性疾病、一些感染、药物或不明原因的疾病中，如抗磷脂抗体阳性，习惯性流产的发生率非常高。患者常有动静脉血栓形成和血小板减少。考虑到流产的原因是血栓形成，导致蜕膜或胎盘功能不足。抗磷脂抗体不是妊娠早期流产，而是妊娠中晚期胎儿死亡。抗磷脂抗体可能是中晚期流产的因素。
(3)抗精子抗体:反复自然流产(recurent spontaneous abortion，RSA)研究发现，双方或男性血清中的抗精子抗体。动物实验证明，抗精子抗体可以杀死胚胎。提示抗体的存在和存在RSA有关。国内也有报道称，女性抗精子抗体阳性较为常见，表明女性对精子的异体免疫和丈夫自身免疫与RSA有关。
抗精子抗体引起的流产，多发生在3个月以内的早期流产，即母体内精子凝集抗体持续作用于早期胚胎组织致病变，使胚胎受损而流产。
