1.贲门失弛 患者年轻，吞咽困难，但仍能保持中等健康。X线称光滑的贲门上方漏斗形狭窄，以及近侧食管的高度扩张。
2.食管炎 常伴有裂孔疝和胃液反流“烧心”、反酸史，身材矮胖，炎症时间长，疤痕狭窄，吞咽障碍。X线钡餐表现为下一段食道和贲门狭窄，粘膜不整齐。食道镜检查可见炎症肉芽和疤痕。肉眼观察有时不容易与癌症区分。如果反复多次活检，可以确诊为阴性结果。
3.胃溃疡，腹部不适，消化不良，或腹痛，易与贲门癌混淆。
贲门癌的鉴别诊断包括贲门痉挛(贲门失弛缓)、食管下慢性炎症引起的狭窄、贲门消化溃疡等。贲门痉挛的临床特点是年轻、病史长、吞咽困难，但仍能保持中等健康。X线食管造影显示，对称光滑的贲门上方漏斗狭窄，近侧食管高度扩张。
