生殖器疱疹的治疗主要是抗病毒药物，但到目前为止，还没有特殊药物，但药物的使用规范不一定完全固定，可以根据患者的病情特点，如区分患者的病情严重程度，确定是初始感染，还是复发感染，以下是生殖器疱疹的治疗措施：
（1）药物治疗：首选药物为无环鸟苷，可减轻全身症状和疼痛，缩短病程，一般口服，严重静脉注射；第二种药物称为异丁苯丙酸，具有抑制疱疹病毒、口服药物的作用；第三种药物称为病毒唑，可减轻症状；第四种药物称为病毒精神（吗啉）；第五种药物称为阿糖胞苷。可以适当选择。
(2)免疫治疗:牛痘苗、卡介苗、小儿麻痹糖丸均可作为免疫治疗，对减少复发有一定作用。有些人还使用干扰素、转移因子、胎盘球蛋白等来提高免疫力。据报道，疱疹病毒疫苗目前正在试制中，以防止和减少复发。
(3)局部治疗:目的是防止患处感染，保持患处清洁干燥。患处一般用1:5000高锰酸钾洗澡或浸泡；也可以使用3％用过氧化氢溶液清洗患处；或者用0。5％阿糖胞苷溶液应用于患处。有的外用无环鸟苷、疱疹净霜、复方新霉素膏、红霉素膏，有一定效果。
除上述治疗措施外，患者必须明确自己的感染源，以有效避免再次感染。此外，建议生殖器疱疹患者的配偶也要接受检查。毕竟，生殖器疱疹有潜伏期，很容易导致交叉感染。
