卵巢囊肿的治疗主要是手术切除术，这是目前唯一能完全治愈卵巢囊肿的疾病，但在某些情况下也需要药物辅助治疗，如引起感染，当然，感染是卵巢囊肿的恶性变化之一。以下是卵巢囊肿的治疗措施：
1.良性卵巢肿瘤
年轻患者进行侧附件切除术或肿瘤切除术。如果双侧卵巢有肿瘤 ，应尽量保留一些正常的卵巢组织。关闭前，应检查标本，疑似恶性变化，并送冷冻切片进行检查。绝经前后，患者应切除子宫和双侧附件，以避免未来的麻烦。
2.恶性卵巢肿瘤
以手术治疗为主，辅以化学治疗、放。
(1)手术治疗
一般来说，全子宫、双侧附件和大网膜切除术。晚期患者应尽量切除转移性癌灶，即肿瘤细胞减少。腹膜切除术后淋巴结的治疗价值尚无定论。
(2)化学治疗
为主要辅助疗法。估计手术切除肿瘤困难，术前先用1～2疗程化疗，可提高手术切除术。术后应用化疗则可预防复发;手术切除不彻底者，化疗后可获暂时缓解甚至长期存活;手术无法切除者，化疗可使肿瘤缩小、松动，为再次手术创造条件。
到目前为止，化疗药物的选择、剂量、用法和疗程还没有统一。从疗效分析来看，大剂量间歇用药最好是小剂量连续用药，联合化疗最好是单一化疗，化疗方案最好是按组织学分类制定的:
①全身化疗
以静脉药物为主。目前，顺铂主要用于治疗卵巢上皮性癌。(DDP)与阿霉素(ADM)、六甲密胺(HMM)、环磷酰胺(CTX)、5-氟脲嘧啶(5-Fu)等联合化疗。
单次剂量一般顺铂30mg/m2,阿霉素30mg/ m2,六甲密胺150mg/ m2，(口服)，环磷酰胺150mg/ m2，5-氟脲嘧啶8mg/kg。
卵巢囊肿的手术切除一般以微创技术为主，但也要求患者及时治疗。如果肿瘤大到一定程度，需要开腹治疗。如果非常严重或有癌症转化的迹象，甚至需要完全切除卵巢。
