虽然咳嗽变异性哮喘通常没有生命危险，但由于咳嗽变异性哮喘可发展为典型哮喘，严重影响睡眠、工作和学习，应尽快诊断和积极治疗。
一旦确诊为咳嗽变异性哮喘，应停止使用抗生素或抗病毒药物，避免接触过敏原。特别是儿童咳嗽变异性哮喘的初级预防，旨在促进和加强Th1细胞反应。
咳嗽变异性哮喘的治疗原则与典型哮喘相同，主要是吸入糖皮质激素进行抗炎治疗。具体治疗方案和吸入糖皮质激素的剂量可参考扩展阅读中的详细治疗方案。通常需要连续吸入5-7天，在气道炎症控制后，咳嗽症状可逐渐减轻或消失。吸入糖皮质激素的时间应至少持续3个月，以免复发。如果咳嗽较重，必要时可配合应用支气管扩张剂如吸入或口服β2受体兴奋剂或/口服茶碱可暂时缓解咳嗽症状。左旋西替利嗪、地氯雷他定、肥大细胞稳定剂等抗变态药物Nedocromil、色甘酸钠等也能取得良好的效果，但往往需要持续使用2周以上。
对停药后反复发作的患者，应及时查明过敏原，采取有效的预防措施，必要时给予过敏原疫苗治疗。
