尿道炎也发生在婴儿期，尤其是男性。这种疾病的发生与男婴泌尿畸形有关。婴儿期过后，女孩的发病率会超过男性，这可能是因为女孩的尿道相对较短，容易侵入细菌。
急性尿道炎在大人和年纪大的儿童常会有解尿疼痛和频尿的现象，所以较易诊断。但是在婴幼儿时期，由于缺少语言表达的能力，通常仅仅以发烧来表现，所以较易误诊。有时更会以非特异性的症状如胃口不佳、躁动哭闹不安、呕吐、腹泻、黄胆来表现，倍增诊断的困难，所以医师须有高度警觉性，才能藉小便检验来诊断。
尿道炎的诊断很重要，除了尿道炎急性期婴儿可能导致致命败血症外，一些患者有先天性尿道畸形，其中80％是膀胱输尿管逆流，如果不使用药物预防或必要的手术矫正，可能导致反复肾炎，最终导致肾脏不可逆的严重病变，必须清洗肾脏。因此，当儿童尿道炎时，医生会安排超声波、膀胱输尿管摄影或其他检查，以确定是否有先天性畸形。
治疗尿道炎，首先要用抗生素治疗一周左右，注意多喝水，多排尿。最重要的是检查泌尿系统是否有先天性畸形。如果发现，需要及时处理。
