本病应与以下疾病相鉴别。
1.扁桃体角化（keratosis of tonsil） 是扁桃体隐窝口上皮细胞的过度角化，形状为黄白色角或尖砂状角化物。触摸坚硬，基础牢固，无法擦拭，无明显自觉症状，或反感咽部不适或异物感，可同时发生在咽后壁、咽侧束和舌根。病程较长，多发生在30岁以前的年轻人。病因尚不清楚，一般不需要特殊治疗。
2.扁桃体肿瘤 一侧扁桃体快速增大或扁桃体肿大和溃疡，应考虑肿瘤的可能性。如扁桃体肉瘤，早期可局限于扁桃体粘膜下，表面光滑，主要症状为扁桃体一侧快速增大，常有颈淋巴结转移，年轻人更常见，活检可诊断。
3.扁桃体症状性肥大 是某些全身性疾病的局部表现，如白血病，扁桃体可对称肿胀。有时咽部症状是其首发症状。根据周围的血液和骨髓象进行诊断。
