传染性心内膜炎应与许多疾病相鉴别：
1.发热性疾病 如果以发热为主要表现，需要鉴别伤寒、败血症、结核病、风湿热和系统性红斑狼疮。
2.心力衰竭 伴有低热或无发热的人主要表现为心力衰竭，应与心脏病并发心力衰竭相鉴别。
3.风湿性心肌炎 活动性风湿性心肌炎很难识别，因为两者都可能有发热、贫血、血液沉积和心脏损伤，但如果栓塞、脾脏、血尿、杵指和血液培养阳性，特别是二维超声心动图检查发现更大的骄傲生物，支持感染性心内膜炎的诊断。
4.左房粘液瘤 有时这种疾病和左房粘液瘤不房粘液瘤，但感染性心内膜炎患儿的骄傲生物在左心房很少见。
5.术后心内膜炎 需要鉴别以下两种疾病:
(1)心包切开综合征:发生在心包切开术后几天至几周，表现为发热、胸痛、心包腔及(或)胸腔积液、白细胞增多、血沉增快，有时心包填塞，需要心包穿刺排出积液。本病为自限性疾病，口服阿司匹林或激素有效。
(2)术后灌注综合征:超过体外循环3～6周周发病，临床表现为发热、纳差、肝脾大、胸腔积液和非典型淋巴细胞增多。这种疾病也是一种自限性疾病，是由术中血液中巨细胞包涵体病毒污染引起的。治疗方法与心包切开综合征相同。
