典型病例的诊断一般并不困难。但在疾病的早期，由于症状不明显或缺乏特征，往往很容易错过诊断。以下几点可以作为诊断本病的基础。
1.有长期发热、盗汗、腹痛、腹泻(或便秘)的青壮年患者。
2.肺结核或其他肠外结核患者原病灶有所改善，但消化道症状和结核毒血症状加重。
3.右下腹肿块伴有压痛，或原因不明的不完全性肠梗阻。
4.胃肠X线检查盲部有刺激、钡剂充盈缺损或狭窄的迹象。
5.结肠镜检查可见黏膜充血、水肿、环形溃疡、炎性息肉及肠腔狭窄，并可取活检，若为干酪样坏死则可确诊为结核。
6.对疑似肠结核病患者，在初步排除相关疾病后，仍难以诊断，可给予抗结核药物，治疗4～观察疗效8周，帮助诊断。
