由于咳嗽是许多疾病的非特异性症状，在临床诊断中必须详细询问病史、综合体检和胸部X线或CT、气道反应测定、肺功能、心电图、纤维支气管镜等特殊检查，消除其他可引起慢性、顽固性咳嗽的疾病。
许多疾病伴有咳嗽症状，需要鉴别肺炎、毛细支气管炎、上呼吸道感染、反复呼吸道感染（recurrent respiratory tract infections，RRTI)、儿童哮喘、胃食管回流引起的咳嗽、后鼻孔滴漏综合征（PNDS）、支气管内膜结核引起的咳嗽是慢性咳嗽的常见病因，在诊断咳嗽变异性哮喘时需要仔细排除。
