不典型急性肾盂肾炎应与以下疾病鉴别：
1.发热性疾病 当急性肾盂肾炎全身感染症状突出，局部尿路症状不明显时，容易与疟疾、伤寒、败血症等发热性疾病混淆，误诊约占40例％；。然而，如果你能详细询问病史，特别注意明显的寒战和脊肋的敲击疼痛往往表明这种疾病的可能性。通过尿沉渣和细菌学检查，不难识别。
2.腹部器官炎 部分急性肾盂肾炎无局部尿路症状，表现为腹痛、恶心、呕吐、发烧、白细胞增加等，易误诊为急性胃肠炎、阑尾炎和女性附件炎。
3.与FHCS注意识别 少数病例Fits-Hhagh-Curts综合征(FHCS)鉴别。1930年Curts、1934年Fits-Hugh首先，该病患者的特征是淋菌性输卵管炎和肝周围炎。后来发现沙眼衣原体感染也会出现同样的症状。目前，盆腔炎性疾病的肝周围炎被称为FHCS。生育年龄妇女首先有妇科症状，然后右上腹痛。肝、胆、胰检查无异常时，应与右肾盂肾炎鉴别，尿细菌学检查有助于鉴别。
