原因尚未完全澄清。目前认为慢性小肠感染可能是由一种或多种病原微生物或寄生虫引起的，与麦胶饮食无明显关系。该病具有流行性和季节性，广谱抗生素治疗有效，但在粪便、小肠内容物和肠粘膜中未发现病原体。缺乏营养，如蛋白质和维生素B族、叶酸等可能与本病有关，但不是重要原因。
小肠粘膜绒毛变形不规则，厚度或扁平；舌头、脊柱或扁平、卷曲。空肠粘膜活性组织检查有腺窝生长、腺窝细胞核肥大、嗜银细胞增多、上皮细胞方形或扁平，杯状细胞减少。上皮细胞酶活性降低。电镜检查显示，微绒毛不规则，分叉多，颗粒体和线粒体增多。有些疾病同时患有浅表或萎缩性胃炎。
