绝大多数输尿管结石易于诊断，临床误诊往往与检查不正确、不及时或经验不足有关。胆囊炎、胆石症、急性阑尾炎、溃疡、胰腺炎、肠梗阻、卵巢囊肿蒂扭转、异位妊娠等急腹症患者引起的疼痛容易与输尿管结石发作时的疼痛混淆，但胆道疾病的疼痛主要是上腹部和背部，而输尿管结石的疼痛是脊柱肋骨和输尿管径路辐射。胆道疾病发作时，右上腹压痛、肌肉紧张、反弹痛、墨菲征(Murphys sign)、白细胞略有升高。急性阑尾炎疼痛和体检阳性征仅限于右下腹，并可伴有寒战、发烧、腹泻等全身症状。常规尿液多为正常，也可出现红细胞。卵巢囊肿蒂扭转和异位妊娠一般尿检正常，病变仅限于下腹。必要时，可进行妊娠尿检和盆腔穿刺检查，以确定是否有出血帮助识别和诊断。
腹腔淋巴结钙化的阴影在不同时间变化很大，输尿管结石阴影的位置相对固定。腹腔淋巴结钙化和胆石症阴影位于椎体前部，输尿管结石位于椎体前后部。
