为了明确诊断和鉴别诊断，可选的检查包括：精液分析或细菌培养、前列腺特异性抗原、尿细胞学、经腹或经直肠B超(含残尿测定)、尿流率、尿动力学CT、MRI、前列腺穿刺活检等尿道膀胱镜检查。具体诊断方法如下：
1、病史采集
询问病人的病史，帮助诊断疾病。
2、体格检查
直肠检查可了解前列腺的大小、质地、结节、压痛及其范围和程度、盆底肌肉紧张、盆壁压痛，按摩前列腺获得前列腺液。
3、四杯试验
该试验在前列腺炎的诊断中具有重要的临床意义。具体方法：在收集尿液前，让患者多喝水，包皮过长的患者应翻转包皮。清洁阴茎头和尿道口后，患者排尿并收集尿液10ml，继续排尿约200ml收集中段尿10后ml，然后停止排尿，按摩前列腺，收集前列腺液，最后再收集尿液10ml。通过对上述标本细菌菌落数量的比较，对每个标本进行镜检和培养，可以鉴别是否有前列腺炎或尿道炎。
4.实验室检查
(1)前列腺按摩液(EPS)常规检查：正常EPS中白细胞<10个/HP，卵磷脂小体均匀分布于整个视野，pH 6.3～6.5，红细胞和上皮细胞不存在或偶见。当白细胞>10个/HP，卵磷脂小体数量减少，具有诊断意义。
(2)尿常规分析及尿沉渣检查:尿常规分析及尿沉渣检查是排除尿路感染、诊断前列腺炎的辅助方法。
(3)细菌学检查：慢性前列腺炎推荐“两杯法”或“四杯法”病原体定位试验。
(4)其它病原体检查:包括沙眼衣原体和支原体检查。
5、器械检查
(1)B超:虽然前列腺炎患者B超检可发现前列腺回声不均、前列腺结石或钙化、前列腺周围静脉丛扩张等，但仍缺乏B超诊断前列腺炎的特异性表现也不能使用B超前列腺炎分型。
(2)尿动力学：首先，尿流率，尿流率检查可以大致了解患者排尿状况，有助于前列腺炎与排尿障碍相关疾病进行鉴别。其次，尿动力学检查，可以发现膀胱尿道功能障碍。
(3)CT和MRI对精囊、射精管等盆腔器官病变的鉴别有潜在的应用价值，但对前列腺炎本身的诊断价值尚不清楚。
6、鉴别诊断
慢性前列腺炎缺乏客观和特异性的诊断依据。临床诊断应与可能导致骨盆疼痛和排尿异常的疾病进行鉴别和诊断。排尿异常的患者应明确是否有膀胱出口梗阻和膀胱功能异常。需要鉴别的疾病包括：良性前列腺增生、睾丸附睾和精索疾病、膀胱过度活动、神经源性膀胱炎、间质性膀胱炎、腺性膀胱炎、性传播疾病、膀胱肿瘤、前列腺癌、肛门直肠疾病、腰椎疾病、中枢和外周神经病变。
除上述疾病外，患者治疗后症状无缓解，应根据具体情况选择进一步检查。
