单纯性甲状腺肿的治疗有病因治疗、甲状腺激素替代或抑制治疗和手术治疗。
病因治疗 碘缺乏引起的，应吃富含碘的食物，并适当补充碘盐。碘化盐可用于缺碘性甲状腺肿的流行地区。正常成年人（包括青春期）每天需要大约100碘g，1~10岁小儿60~100g/d，婴幼儿35~40 g/d。过多的碘则由尿及粪便排泌。但结节性甲状腺肿的成年患者应避免大剂量碘治疗，以免诱发碘甲亢。对于摄入致甲状腺肿物质所致者，停用后药物或食物，甲状腺肿一般可自行消失。
取代或抑制甲状腺激素治疗 早期轻度甲状腺肿，服用碘化钾10-30mg/d，或复方碘口服溶液3-5滴/d。一般用3-6月。甲状腺激素可替代中度或（或）甲状腺激素分泌不足，补充内源性甲状腺激素不足，抑制甲状腺激素分泌。服用40片干甲状腺片-80mg/d，经6-12月可缩小或消失腺体，半数患者可治愈。多发性结节和混合性甲状腺肿可能会缩小，但很难完全消失，因为结节的形成往往标志着甲状腺肿进入不可逆转的阶段。妊娠和哺乳期甲状腺片剂量每天不超过160mg。
一般来说，非毒性甲状腺肿，无论是散发性还是地方性，都不适合手术治疗，但如果腺体过大，特别是巨大的结节性甲状腺肿，或并发症引起压迫症状或疑似癌症并给予TH治疗无效，适合手术治疗。
