肠套叠的临床表现因人而异，症状体征多样化。诊断时应注意识别以下疾病。
1.细菌性痢疾发病急，伴有呕吐和腹痛，大便可带血，与肠套叠混淆。但细菌性痢疾大便频繁，含有大量粘液和脓血，早期体温可达39℃以上腹痛不如肠套严重，腹部无肿块。大便镜检查显示大量白细胞和吞噬细胞。肠套叠大便镜检查主要是红细胞。偶尔，肠套叠继发于菌痢后，应注意。
2.阑尾炎 2岁以下婴儿急性阑尾炎罕见，阑尾炎一般无血便，腹部肿块发生晚于肠套，多为阑尾炎或阑尾周围脓肿。
3. 蛔虫性肠梗阻 病儿多有排虫史，表现为腹痛、腹胀、呕吐，有时可吐出蛔虫。多数可在脐周或右下腹部扪及条索状或香肠样肿块，指压有高低不平感或有窜动感。X在线检查中，平片可在肿块处看到多个蛔虫影；钡灌肠常见蛔虫团在扩张的肠环中呈典型的面条状或小圆形填充缺陷。
4.腹型紫癜 表现为腹痛、呕吐、便血等症状。多见于5岁以上儿童。粪便为深红色或血红色，腹部有压痛，但无肿块，可并发皮疹、关节痛或血尿。值得警惕的是，由于肠功能障碍，腹型紫癜可以并发肠套叠，必要时可以X识别线路检查。
5.出血性坏死性肠炎 临床上多表现为便血、腹痛、呕吐。大便呈洗肉水状，伴有特殊腐烂腥味，早期有高烧和全身中毒症状。
6.其他 仍有绞窄性内疝、肠扭转、结肠息肉等肠道出血性疾病，有时可误诊为肠套叠，可通过体检和必要的辅助检查仔细识别。
