甲状腺激素替代治疗是甲状腺功能减退的主要治疗方法，部分患者也需要病因治疗。
（1）甲状腺激素替代治疗：甲状腺功能减退是由体内缺乏甲状腺激素引起的，因此需要用甲状腺激素替代治疗。补充甲状腺激素制剂后，不仅效果快，疗效显著，而且继续服用适量的甲状腺激素制剂，有利于患者稳定病情。临床上常用的甲状腺激素制剂包括甲状腺片和左甲状腺素（L-T4）。
（2）病因治疗：如果有病因可以消除，则应进行病因治疗。如果碘缺乏甲状腺功能减退补充碘，高碘化物引起的甲状腺功能减退应停止碘化物；药物引起的甲状腺功能减退可在减少或停止后消失；锂盐治疗精神疾病有3种％-4％；甲状腺功能减退，停药可改善；下丘脑或垂体丘脑或垂体有大肿瘤。肿瘤切除术后，甲状腺功能减退可能会有不同程度的改善；亚甲炎、无痛性甲状腺炎和暂时性甲状腺功能减退也会随着原发病的治愈而消失。
