目前，肾囊肿的治疗主要从以下几点进行：
1.标本兼顾：多囊肾进展到后期，肾用先司，浊毒内停，形成严重疾病。因此，湿浊者应利湿化浊；有水气的人应利水行气。总之，治疗要兼顾标本。养阴、益气、补肾、健脾等固有方法。治疗标本包括清热利湿、活血化瘀、平肝熄风。
2.理气活血：由于水湿瘀积肾，可阻碍气机，导致气滞血瘀，气血水互联。因此，治疗时要注意理气活血。血尿者清热止血；腰瘀明显者，活血化瘀止痛；腹痛发热者，清热解毒，活血化瘀。
3.扶正固本：多囊肾囊肿早期无明显临床症状，或腰部不适，或家庭多囊肾患者，肾阳虚早期补肾壮阳，肾阴虚滋阴补肾。
