大多数单纯性甲状腺肿患者没有明显的病因，部分患者可能与以下因素有关：
碘是合成甲状腺激素的必需元素，碘不足，身体不能合成足够的甲状腺激素，反馈刺激垂体TSH升高，升高TSH促进甲状腺增生，引起甲状腺肿。我国是碘缺乏严重的国家，国家实施“全民加碘盐”政策是防止碘缺乏病的最有效的措施。
二、酶缺陷
甲状腺激素合成过程中某些酶的先天性缺陷或获得性缺陷可引起单纯性甲状腺肿，如碘化物运输酶、过氧化物酶、去卤化酶、碘酪氨酸耦合酶等。
3、药物
碘化物、氟化物、锂盐、氨基比林、氨鲁米特、磺胺、保泰松、胺碘酮、磺胺丁脲、甲基咪唑、丙基硫氧嘧啶等药物可引起单纯性甲状腺肿。这些药物通过不同的机制干扰或抑制甲状腺激素合成过程中的各个环节，最终影响甲状腺激素的合成和反馈TSH甲状腺肿升高。
4、吸烟
吸烟会导致单纯性甲状腺肿，因为吸入物含有硫氰酸盐，这是一种致甲状腺肿物质，吸烟者的血清甲状腺球蛋白水平高于非吸烟者。
