肠结核病的治疗目的是消除症状，改善全身状况，促进病变愈合，预防并发症。由于肠结核病的早期病变是可逆的，因此强调早期治疗。
(一)休息和营养。休息和营养可以增强患者的抵抗力，是治疗的基础。
(二)抗结核化学药物治疗是本病治疗的关键，其原则是:早期、规律、全过程、适量、联合。
异烟肼、利福平、链霉素、吡嗪酰胺、乙胺丁醇、氨硫脲是一线抗结核药物。
氨基水杨酸、丙硫异烟胺、阿米卡星、卷曲霉素、利福喷汀、利福布汀是二线抗结核药物。
（3）对症治疗。抗胆碱能药物可用于腹痛。如果摄入不足或腹泻严重，应注意纠正水、电解质和酸碱平衡障碍。对于肠梗阻不完全的患者，应减轻胃肠道压力。
(4)手术治疗。适应症包括:①完全性肠梗阻；②急性肠穿孔或慢性肠穿孔瘘管经内科治疗未闭合；③积极抢救大量肠道出血经不能有效止血的人；④剖腹探查者诊断困难。
